为加强和整合上海社会科学院当代中国马克思主义研究力量，着力推进马克思主义理论学科建设、主流意识形态研究教学和智库建设等工作，经院领导审核同意，原上海社会科学院邓小平理论和“三个代表”重要思想研究中心于2020年10月正式更名为上海社会科学院马克思主义学院，与中国马克思主义研究所合署办公。上海社会科学院党委书记徐威兼任马克思主义学院院长。
马克思主义学院的前身是上海社会科学院邓小平理论研究中心（简称邓中心），成立于1993年2月，是全国最早创立的邓小平理论研究中心。1994年与中央党校、国家教委、中国社会科学院、国防大学一起，被中央列为全国研究邓小平有中国特色社会主义理论的五大基地之一，后又成为《毛泽东邓小平理论研究》主办单位，为我国当代中国马克思主义研究和主流意识形态建设做出了卓越的贡献。2004年根据中宣部的要求，邓小平理论研究中心更名为邓小平理论和“三个代表”重要思想研究中心，邓中心的历任主任都由院领导兼任，先后有李君如、夏禹龙、尹继佐、王荣华、潘世伟、童世骏（第一副主任）担任中心主任。2012年中国马克思主义研究所成立以后，邓中心和中国马克思主义研究所两块牌子，由一套班子运作。2018年底，中国马克思主义研究所被授予上海市习近平新时代中国特色社会主义思想研究基地。
